Протягом 1950-1953 років – учитель історії у місті Острозі, у 1956-1958 роках – методист кабінету педагогіки Львівського обласного Інституту удосконалення вчителів. 16 червня 1958 року М.П.Ковальський захистив кандидатську дисертацію "Зв'язки західноукраїнських земель з Російською державою: друга половина XVI - XVII ст.", після чого, 23 червня 1958 року йому було присвоєно вчене звання кандидата історичних наук.
Микола Павлович Ковальський працював старшим викладачем історичного факультету Львівського державного університету (1958-1959 рр.), науковим співробітником, завідувачем відділом етнографії Українського державного музею етнографи та художніх промислів АН УРСР (місті Львів, 1959-1963 рр.). У 1963 році Микола Павлович переїхав на Дніпропетровщину, якій присвятив більше 30 років свого життя і діяльності. Доцент і декан Криворізького загальнонаукового факультету Дніпропетровського державного університету (1963-1965 рр.). 13 січня 1965 року Микола Павлович Ковальський отримав учене звання доцента. У 1965 році М.П.Ковальський переїхав до Дніпропетровська, де працював доцентом кафедри історії СРСР та УРСР (1965-1972 рр.), деканом історико-філологічного факультету Дніпропетровського державного університету (1970-1971 рр.), доцентом (1972-1978 рр.), професором (1985-1994 рр.), завідувачем кафедри історіографії та джерелознавства Дніпропетровського державного університету (1978-1994 рр.).
23 листопада 1985 року Микола Павлович Ковальський захистив докторську дисертацію "Джерела з історії України XVI – першої половини XVII ст." у Московському державному університеті, а вчений ступінь доктора історичних наук йому було присвоєно 15 березня 1985 року. 9 серпня 1985 року Миколі Павловичу Ковальському було присвоєно звання професора по кафедрі історіографії та джерелознавства.
У 1994 році Микола Павлович Ковальський повернувся до рідного Острога, де працював проректором з наукової роботи Національного університету "Острозька академія".
Микола Павлович Ковальський є провідним спеціалістом України у галузях джерелознавства історії України, історії друкарства в Україні, історичної бібліографії, музеєзнавство, археографія. Він є автором понад 500 друкованих праць, у тому числі 38 монографій, навчальних і методичних посібників, брошур, понад 300 наукових статей. Найбільш важливі праці: "Источниковедение истории Украины XVI - первой половины XVII века: Части 1-4" (1977-1979 рр.); "Источники по социально-экономической истории Украины XVI – первой половины XVII в.: структура источниковой базы" (1982 р.); "Анализ архивных источников по истории Украины XVI-XVII вв." (1984 р.); "Етюди з історії Острога: Нариси" (Острог, 1998 р.) та ін. Микола Павлович Ковальський підготував 27 кандидатів та 6 докторів історичних наук.
Микола Павлович Ковальський: заслужений діяч науки і техніки України (1991 р.), академік Міжнародної слов'янської академії наук (1998 р.), дійсний член Української вільної академії наук в США (2000 р.), голова осередку Українського історичного товариства ім. М.С.Грушевського (м. Острог). Нагороджений знаком "Відмінник освіти України" (1999 р.), відзнакою Президента України, медаллю "Захиснику Вітчизни". Помер 6 жовтня 2006 року в м. Острог, де й похований.