Город Марганец расположен на месте одной из казацких Сечей. В южной части города, в районе Остров, между рекой Томаковка и Каховским морем есть на холме сад, который некогда был островом Томаковка, где с 1530-х до 1593 г. существовала Томаковская Сечь. Через пролив с островом располагалось казацкое селение Городище.
Конец XIX в. характеризовался бурным развитием черной металлургии на юге Украины. Открытие марганцевого месторождения вблизи от металлургических заводов Донбасса и Приднепровья в сочетании с благоприятными условиями залегания и разработки марганцевых руд стало значительным фактором в развитии бассейна и металлургической промышленности в целом. Еще с конца позапрошлого века здесь началась добыча марганцевой руды. Первым рудником был Городищанский, за ним появились другие, а вокруг рудников возникли рабочие поселки.
В 1926 году поселок Городище получил новое название — Коминтерн. В 1938 году в его состав вошли близлежащие территории. В 1938 году Указом Президиума Верховного Совета УССР эти поселения были объединены, новому населенному пункту присвоен статус города и назван Марганцем.